普通有機(jī)肥包括商品有機(jī)肥和農(nóng)家肥兩種。農(nóng)家肥容易得到，但往往含有大量的病原菌和蟲卵，生產(chǎn)中往往未經(jīng)充分腐熟直接施入土壤，產(chǎn)生的大量的氨氣和有機(jī)酸，會造成燒苗、土壤板結(jié)等問題，嚴(yán)重的甚至造成重金屬超標(biāo)。商業(yè)有機(jī)肥是以牲畜糞便、動植物殘體為原料加工所生產(chǎn)下腳料為原料，經(jīng)過發(fā)酵腐熟后制成的符合國家標(biāo)準(zhǔn)的有機(jī)肥料。但有的小廠家未進(jìn)行合格的高溫發(fā)酵，導(dǎo)致達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)，對農(nóng)作物也有較大的傷害。

而生物有機(jī)肥是在精制有機(jī)肥的基礎(chǔ)上又添加了特定功能微生物的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。大部分有機(jī)肥中含有微生物，但是未經(jīng)過嚴(yán)格無害化處理，致使有機(jī)肥中含有大量病原菌。而生物有機(jī)肥中的微生物是經(jīng)過人類篩選的、具有一定功能的微生物，且不同生物有機(jī)肥所選用的微生物菌種和菌株不同，其在土壤中的功效也具有極大的差別。